CSRD et chaîne d'approvisionnement agricole : comment fiabiliser les données climat, biodiversité et sols

8 avril 2026

- par
Aurélie

Pour un groupe agroalimentaire, la CSRD (Corporate Sustainability Reporting Directive) n'est pas principalement un sujet juridique. C'est un sujet de données, et la plupart de ces données ne se trouvent pas dans vos usines ni dans vos entrepôts. Elles sont dans les champs de vos fournisseurs.

Les émissions de gaz à effet de serre liées à la production agricole représentent systématiquement la première ou deuxième source d'émissions dans les Scopes 3 des entreprises de l'agroalimentaire. La biodiversité et les sols sont des enjeux que les premières analyses de double matérialité font remonter dès que la chaîne de valeur est agricole. Et ces données  (pratiques culturales, état des sols, localisation des parcelles, intrants utilisés) ne s'obtiennent pas avec un questionnaire fournisseur standardisé.

C'est précisément là que se joue, concrètement, la qualité de votre reporting CSRD.

Visite d'une ferme en transition. ©ReSoil, 2025

Pourquoi l'amont agricole concentre l'essentiel des enjeux matériels ?

Quand on parle de chaîne d'approvisionnement agricole dans le reporting de durabilité, on parle d'un terrain qui concentre trois des normes ESRS les plus exigeantes à renseigner. Les ESRS (European Sustainability Reporting Standards) sont les normes techniques européennes élaborées par l'EFRAG (European Financial Reporting Advisory Group) qui définissent précisément ce que les entreprises soumises à la CSRD doivent mesurer et publier sur leurs impacts environnementaux, sociaux et de gouvernance. Sur douze normes thématiques, trois sont particulièrement critiques pour l'amont agricole : E1 (changement climatique), E4 (biodiversité et écosystèmes) et, de façon croissante, les enjeux de sols qui s'articulent entre E2 (pollution), E3 (eau) et E4.

Ce n'est pas une coïncidence. L'agriculture est le deuxième poste d'émissions de gaz à effet de serre en France, avec des émissions majoritairement composées de méthane (CH4) lié à l'élevage et de protoxyde d'azote (N2O) lié à la fertilisation des sols. Pour un groupe qui s'approvisionne en céréales, oléagineux ou légumineuses, ces émissions sont les siennes, au titre du Scope 3 catégorie 1 (biens achetés).

L'agriculture est aussi le premier secteur concerné par les enjeux de biodiversité et d'usage des sols. Changement d'affectation des terres, artificialisation, intensification des pratiques, pression sur les pollinisateurs, homogénéisation des paysages : ces vecteurs d'érosion de la biodiversité sont directement liés aux pratiques des exploitations de votre chaîne de valeur amont.

Et contrairement aux émissions industrielles ou à la consommation d'énergie, ces données ne remontent pas naturellement vers vous. Elles exigent une démarche active : terrain, modélisation, et relation de confiance avec les agriculteurs.

Répartition des enjeux ESRS dans la chaîne de valeur d'un groupe agroalimentaire sur grandes cultures. ©ReSoil, 2025

Ce que les ESRS demandent concrètement sur l'amont agricole

ESRS E1 — Changement climatique : le Scope 3 amont comme point dur

L'ESRS E1 est la seule norme climatique dont la charge de la preuve est inversée dans le dispositif CSRD : l'entreprise doit démontrer que le changement climatique n'est pas matériel pour elle, faute de quoi elle doit le reporter. En pratique, pour un acteur de l'agroalimentaire, c'est impossible à exclure.

L'obligation principale concerne les émissions de gaz à effet de serre sur les trois Scopes. Le Scope 1 (émissions directes de vos sites) et le Scope 2 (énergie) sont généralement accessibles. Le Scope 3 est une autre histoire et dans l'agroalimentaire, il représente souvent 80 à 90 % des émissions totales.

La catégorie 1 du Scope 3 est, dans la grande majorité des filières, le poste dominant. Elle couvre les émissions liées à la production agricole de vos matières premières : utilisation des intrants azotés (principale source de N2O), consommation de carburant des engins agricoles, gestion des résidus de culture, stockage et fermentation.

Le problème de fond : le Scope 3 Catégorie 1 sur l'amont agricole ne peut pas être correctement calculé sans données primaires ou quasi-primaires au niveau des exploitations. Les facteurs d'émission moyens par culture (disponibles dans la Base Carbone de l'ADEME ou dans les bases de cycle de vie comme ecoinvent) donnent une estimation de départ mais ils masquent une variabilité considérable selon les pratiques, les sols, les régions et les conditions climatiques de l'année.

Un champ de blé conduit en agriculture régénératrice dans le Bassin parisien n'a pas le même facteur d'émission qu'un champ de blé conventionnel en région séchante. Un tournesol sans irrigation dans le Sud-Ouest n'est pas comparable à un tournesol irrigué. Ces différences peuvent atteindre un facteur 2 à 4 sur l'intensité carbone par tonne produite ce qui n'est pas négligeable quand vous devez reporter sur un volume d'approvisionnement de plusieurs dizaines de milliers de tonnes.

ESRS E4 — Biodiversité : l'amont agricole en première ligne

L'ESRS E4 est probablement la norme la plus redoutée des équipes RSE et à juste titre pour les acteurs de l'agroalimentaire. Elle exige d'identifier les vecteurs d'impact de l'entreprise sur la biodiversité, de cartographier les interactions avec les zones sensibles, d'évaluer les dépendances aux services écosystémiques, et de suivre des métriques sur l'état des espèces et des écosystèmes.

Pour un groupe dont l'approvisionnement repose sur des grandes cultures, les vecteurs d'impact à évaluer incluent :

  • Le changement d'usage des terres. L'ESRS E4 exige de communiquer sur les superficies affectées par des changements d'occupation du sol : déforestation, artificialisation, conversion de prairies permanentes en terres arables dans la chaîne de valeur. Pour les filières françaises de grandes cultures, ce point est moins critique que pour les filières tropicales, mais il reste pertinent dès que vous vous approvisionnez hors de France.
  • L'intensification agricole et ses effets sur les habitats. La fragmentation des habitats, la réduction des jachères, l'homogénéisation des assolements : ces pressions, directement liées aux pratiques culturales de vos fournisseurs, dégradent la fonctionnalité des écosystèmes (pollinisateurs, prédateurs naturels, faune du sol). L'ESRS E4 demande de cartographier les interactions entre les zones de production et les zones sensibles, une exigence qui suppose de connaître la localisation des parcelles.
  • La dépendance aux services écosystémiques. Un groupe agroalimentaire dépend directement de la pollinisation (pour certaines cultures), de la régulation des ravageurs par les auxiliaires, de la qualité et de la disponibilité de l'eau d'irrigation, et de la fertilité biologique des sols. Ces dépendances doivent être évaluées et publiées avec une estimation des risques financiers associés à leur dégradation.
  • L'état des sols. Les sols agricoles sont à la fois un sujet d'impact (leur dégradation par les pratiques) et un sujet de dépendance (sans sol vivant, pas de production). La teneur en matière organique, la structure physique, la vie biologique des sols : ces paramètres ne sont pas encore standardisés dans un cadre de reporting unique, mais ils remontent systématiquement dans les analyses de double matérialité des acteurs agricoles.

Le vrai problème : obtenir des données fiables sur les exploitations

Ce que les questionnaires fournisseurs ne permettent pas

La réponse instinctive de beaucoup d'équipes RSE est de déployer des questionnaires fournisseurs. C'est légitime et le Value Chain Cap introduit par l'Omnibus I cadre ce qui peut être demandé dans le référentiel VSME. Mais cette approche a des limites structurelles dans le contexte agricole.

Les coopératives et négociants, premier niveau de votre chaîne d'approvisionnement, n'ont généralement pas accès aux données agronomiques des exploitations adhérentes au niveau de granularité utile pour le reporting ESRS : volumes, origines géographiques agrégées, parfois certifications rarement des données de pratiques au niveau parcellaire. Les agriculteurs disposent de ces informations : carnets de plaine, plans de fumure mais elles ne sont pas dans un format compatible avec un reporting environnemental, et ils n'ont pas de raison naturelle de les partager sans qu'une relation de confiance soit construite, notamment car il peut y avoir une part de confidentialité et une crainte de la concurrence.

Un questionnaire déclaratif sans vérification terrain produit des données insuffisantes pour être défendues devant un auditeur. Les ESRS demandent de privilégier les données primaires et de documenter la méthode lorsqu'on recourt à des proxies (données de substitution).

La collecte terrain comme fondation

La donnée primaire agricole utile pour le reporting CSRD s'obtient au plus près des exploitations. Un diagnostic agronomique structuré, mené par un technicien ou un agronome formé, permet de collecter en une à deux heures par exploitation les informations essentielles (selon le niveau de rigueur des agriculteurs) : pratiques de fertilisation azotée (doses, formes, fractionnement), travail du sol (labour, techniques simplifiées, semis direct), couverture des sols en hiver, assolement, localisation des parcelles, présence d'infrastructures agro-écologiques (haies, bandes enherbées, zones humides).

Ces données sont la matière première du calcul des émissions de GES au niveau de l'exploitation. Elles permettent aussi d'alimenter des indicateurs biodiversité, occupation du sol, présence d'habitats favorables, pression par les intrants. Et elles constituent la base pour évaluer l'état des sols quand elles sont combinées avec des analyses physico-chimiques ou des mesures de matière organique.

La collecte terrain a un coût en temps, en organisation, en formation des équipes qui la conduisent. Mais c'est le seul chemin vers une donnée qui soit à la fois utile (suffisamment précise pour piloter une trajectoire de décarbonation), défendable (documentée et traçable pour l'auditeur) et valorisable (utilisable dans un dialogue avec les agriculteurs sur les pratiques à faire évoluer).

La modélisation pour couvrir ce que la collecte ne peut pas atteindre

Même avec un programme de collecte terrain ambitieux, vous n'atteindrez pas 100 % de couverture primaire de votre approvisionnement. Les exploitations les plus petites, les zones d'approvisionnement secondaires, les années où la pression opérationnelle ne permet pas de renouveler les diagnostics : la donnée secondaire et la modélisation ont leur rôle à jouer.

Les ESRS le reconnaissent explicitement. Lorsque les données primaires ne sont pas accessibles malgré des efforts raisonnables, l'entreprise peut recourir à des estimations, des données sectorielles ou des proxies, à condition de documenter la méthode, d'en évaluer l'incertitude, et de s'inscrire dans une trajectoire d'amélioration progressive.

Pour les grandes cultures, deux approches complémentaires permettent d'estimer les émissions sans collecte exhaustive. Les facteurs d'émission régionalisés combinent des données de pratiques au niveau régional (Agreste, organismes de développement agricole) avec des données pédoclimatiques, produisant des estimations bien plus précises que les moyennes nationales car l'émission de N2O d'une fertilisation azotée dépend fortement du type de sol et du climat local. Les modèles de cycle de vie (ACV) évaluent quant à eux l'empreinte complète d'un produit agricole en intégrant intrants, rendements et conditions pédoclimatiques ; des bases comme ecoinvent ou la Base Impacts de l'ADEME couvrent les principales cultures françaises, même si leur granularité reste limitée.

L'approche la plus robuste combine les deux : données primaires sur les zones stratégiques, modélisation régionalisée en complément, avec une documentation claire du mix et de l'incertitude associée, ce que recommande le GHG Protocol pour le Scope 3 et ce que les auditeurs commencent à vérifier.

Structurer la démarche de collecte : du diagnostic au reporting

Étape 1 — Cartographier l'approvisionnement avant de collecter des données

Avant de lancer la moindre collecte, il faut savoir où chercher. La cartographie consiste à identifier, pour chaque matière première agricole achetée, les zones géographiques de production, les volumes et les intermédiaires (coopératives, négociants, traders).

Cette carte sert à deux choses. D'abord, prioriser : concentrez les diagnostics terrain sur les 20 % de zones ou de fournisseurs qui représentent 80 % de votre volume ou de votre impact estimé, le Scope 3 amont répond bien à la règle de Pareto. Ensuite, identifier les zones à enjeux,  non pas les plus importantes en volume, mais celles en lien avec des zones Natura 2000, en stress hydrique, ou à forte intensité d'intrants. Sans cette cartographie géographique, l'exigence de l'ESRS E4 sur la localisation des sites de production et l'interaction avec les zones sensibles est impossible à satisfaire.

Étape 2 — Choisir les indicateurs à collecter

Une erreur fréquente dans les premières démarches de collecte de données agricoles pour la CSRD : vouloir tout mesurer. Le résultat est un questionnaire de 80 items que ni les agriculteurs ni les coopératives ne renseignent sérieusement.

Les indicateurs à collecter en priorité sont ceux qui alimentent directement les calculs d'émissions et les évaluations d'impact biodiversité, et qui peuvent être renseignés par les exploitants sans expertise ESG particulière :

Pour le Scope 3 / ESRS E1 : doses et formes des apports azotés (minéraux et organiques), rendements par culture, consommation de carburant (ou type et surface de travail du sol comme proxy), surfaces et cultures concernées par exploitation.

Pour la biodiversité / ESRS E4 : assolement sur les 5 dernières années, présence et linéaire d'infrastructures agro-écologiques (haies, bandes enherbées, jachères), localisation GPS des parcelles, superficie en zones sensibles ou à proximité.

Pour les sols : résultats d'analyses de sol disponibles (teneur en matière organique, pH), pratiques de couverts végétaux et de travail du sol réduisant l'érosion.

Ce jeu d'une vingtaine d'indicateurs, collecté avec un protocole standardisé lors d'un entretien d'une heure avec l'exploitant, permet d'alimenter la majorité des calculs nécessaires au reporting ESRS sur l'amont agricole. Les données brutes doivent ensuite être traitées avec des méthodes documentées : calcul des émissions de N2O selon les guidelines du GIEC, facteurs d'émission de la Base Carbone pour les autres postes, indicateurs de pression biodiversité (TFI, diversité végétale, score infrastructures agro-écologiques), teneur en matière organique pour les sols. Toute cette chaîne de calcul doit être traçable pour l'auditeur, source des facteurs utilisés, hypothèses retenues, couverture en données primaires vs secondaires, niveau d'incertitude estimé.

Ce que l'Omnibus I change et ne change pas pour l'amont agricole

La directive Omnibus I a réduit de 80 % le nombre d'entreprises soumises aux obligations de reporting CSRD. Pour les groupes agroalimentaires concernés (plus de 1 000 salariés et plus de 450 M€ de CA), rien ne change sur le fond des obligations ESRS E1 et E4, la chaîne de valeur agricole reste dans le périmètre.

Pour les entreprises qui sortent du périmètre obligatoire, le sujet de l'amont agricole ne disparaît pas pour autant. Deux dynamiques maintiennent la pression :

La pression chaîne de valeur. Vos clients grands comptes soumis à la CSRD continueront de vous demander des données ESG sur votre propre amont notamment vos émissions Scope 3 et vos pratiques sur la biodiversité. Le Value Chain Cap les oblige à rester dans le cadre VSME pour leurs demandes, mais les données agricoles font partie des indicateurs du module complet VSME.

La pression sur les marchés et le financement. La capacité à démontrer la maîtrise de votre impact environnemental amont (empreinte carbone des matières premières, pratiques agricoles des fournisseurs, gestion de la biodiversité) devient un critère croissant dans les appels d'offres de la grande distribution et dans les conditions d'accès aux financements verts.

FAQ - Les questions que vous posez

Peut-on utiliser les facteurs d'émission moyens par culture pour le reporting CSRD ?

Oui, dans un premier temps et sous conditions. Les ESRS autorisent le recours à des données secondaires (facteurs moyens sectoriels ou régionaux) lorsque les données primaires ne sont pas accessibles. Mais cette approche doit être documentée, les limites doivent être explicitées, et l'entreprise doit montrer une trajectoire d'amélioration vers des données plus robustes. Pour les zones et les filières qui concentrent l'essentiel de votre impact, un auditeur exigeant questionnerait l'absence de données primaires.

Quelle différence entre données primaires et données secondaires pour le Scope 3 agricole ?

Les données primaires sont des données collectées directement auprès des exploitations: pratiques réelles, intrants réels, rendements réels. Elles permettent un calcul spécifique à votre approvisionnement. Les données secondaires sont des facteurs d'émission moyens tirés de bases de données (ADEME Base Carbone, ecoinvent, Agribalyse), plus rapides à utiliser, mais moins précises et non représentatives de la variabilité réelle de vos fournisseurs. Une approche hybride (données primaires sur les zones à enjeux, données secondaires en complément) est la voie la plus pragmatique pour la plupart des acteurs.

Combien d'exploitations faut-il diagnostiquer pour avoir une donnée représentative ?

Il n'y a pas de règle universelle. La démarche la plus pragmatique : cibler les exploitations qui représentent 50 à 70 % de vos volumes sur une zone donnée, en priorisant les plus grandes. Sur des bassins homogènes (même région, même type de sol), quelques dizaines de diagnostics suffisent à calibrer un facteur d'émission régionalisé appliqué à l'ensemble de la zone.

Conclusion : la donnée agricole est un actif stratégique, pas une contrainte réglementaire

Le reporting CSRD sur la chaîne d'approvisionnement agricole est exigeant parce que les données sont exigeantes à obtenir. Mais les groupes qui investissent dans cette démarche ne font pas que répondre à une obligation réglementaire. Ils construisent quelque chose de bien plus utile : une connaissance fine de leur amont, des relations de confiance avec leurs fournisseurs agricoles, et la capacité à piloter concrètement la décarbonation de leur approvisionnement.

Un facteur d'émission calculé parcelle par parcelle, sur des pratiques réelles et vérifiables, est bien plus qu'une ligne dans un rapport de durabilité. C'est la base d'un dialogue avec les agriculteurs sur les pratiques à faire évoluer, d'une trajectoire de réduction crédible à publier dans le plan de transition ESRS E1, et d'un argument commercial différenciant face aux distributeurs et aux investisseurs.

La donnée agricole fiable est rare. Elle prend du temps à construire. Et c'est exactement pour ça qu'elle a de la valeur.

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