02 juillet 2026
La qualité de l’eau est l’un des indicateurs les plus fondamentaux de la santé d’une société. Lorsqu’un pays ne protège plus son eau, c’est sa santé publique, son agriculture, sa biodiversité et sa résilience économique qui se fragilisent. A l’échelle du globe, plus d’1 humain sur 4 n’a pas accès à l’eau potable salubre et selon l’Organisation Mondiale de la Santé ce serait près d’1 million de morts par an directement lié à la consommation d’eau polluée.
Et pourtant, en France, la contamination des nappes phréatiques et des cours d’eau progresse depuis des décennies. Nitrates, pesticides, métaux lourds, résidus médicamenteux : nous investissons toujours plus pour dépolluer une ressource que nous continuons collectivement à dégrader.
La qualité de l’eau est donc une question de société avant d’être une question agricole. Mais dans ce système complexe, l’agriculture représente aujourd’hui le levier d’action le plus vaste et le plus rapidement mobilisable à grande échelle. Parce qu’elle couvre près de la moitié du territoire français, elle peut soit accélérer la pollution diffuse, soit redevenir une infrastructure naturelle de filtration de l’eau.
C’est précisément là que l’agriculture régénératrice change la donne.
Après avoir exploré dans un précédent article l’impact de l’agriculture régénératrice sur les volumes de prélèvement d’eau, nous abordons ici la question de la qualité : nitrates, pesticides, pollution diffuse… et pourquoi financer cette transition devient un investissement stratégique pour préserver durablement la ressource en eau, et donc à préserver notre société.
La dégradation de la qualité de l'eau en France résulte de décennies de pression chimique exercée par l'ensemble des acteurs économiques et sociaux du territoire. En 2023, la France a consacré 18,4 milliards d'euros à la lutte contre la pollution des eaux superficielles et souterraines, un chiffre en hausse de 3 % par an en moyenne depuis 2016. Autrement dit, nous dépensons chaque année davantage pour corriger en aval ce que nous continuons à produire en amont.
L'industrie a laissé une empreinte profonde : rejets de métaux lourds, de solvants chlorés, de polluants organiques persistants dans les sols et les cours d'eau. Des milliers de sites pollués continuent de diffuser lentement leurs contaminants vers les nappes, parfois des décennies après la fin de l'activité. Les zones urbaines génèrent des eaux pluviales chargées d'hydrocarbures, de microplastiques, de résidus de médicaments que les stations d'épuration ne sont pas conçues pour éliminer. En 2022, seulement 44 % des masses d'eau de surface présentaient un bon état écologique, contre 41 % en 2010 : douze ans d'efforts pour 3 points de progression. Le chemin est long, et tous les acteurs ont leur part à fournir.
Pourquoi, alors, concentrer le regard sur l'agriculture ? Parce que les surfaces agricoles couvrent près de 50 % du territoire français. À cette échelle, chaque changement de pratique produit des effets cumulés considérables sur la qualité de l'eau à l'échelle d'un bassin versant. Aucun autre secteur ne dispose d'un tel levier spatial sur le cycle naturel de l'eau. C'est ce potentiel, massif et relativement rapide à mobiliser, qui justifie d'y concentrer une part significative des efforts de financement.
Avant de parler de solutions, il faut poser les chiffres du problème. Ils sont éloquents.
15 000 captages d'eau potable fermés depuis 1980, c'est le bilan établi par France Nature Environnement pour la période 1980-2025. Soit en moyenne une quarantaine de fermetures par an depuis 45 ans. La première cause est la dégradation de la qualité de la ressource, et parmi ces fermetures pour raison qualitative, 41,6 % sont directement imputables à des teneurs excessives en nitrates et/ou pesticides.
Entre 750 millions et 1,3 milliard d'euros par an, c'est l'estimation du Sénat français (2024-2025) pour les seuls coûts de traitement liés à la pollution de l'eau potable par les pesticides et les engrais azotés minéraux, une taxe invisible sur la facture d'eau des Français, directement liée à des pratiques agricoles en amont.
Près de 400 millions d'euros supplémentaires sont dépensés hors facture d'eau par les ménages pour s’équiper de systèmes de filtration domestique, acheter de l’eau en bouteille ainsi que pour traiter ces déchets d'emballages supplémentaires.
Et le chiffre le plus vertigineux : si l'on voulait dépolluer les eaux souterraines françaises aux normes de potabilité, il faudrait en traiter près de 40% du volume et le coût serait compris entre 490 et 742 milliards d'euros pour les nitrates, et entre 32 et 105 milliards d'euros pour les pesticides. Au vu de la santé économique du pays, ces chiffres ne sont pas un scénario envisageable, cela représenterait près d’1/4 de la dette publique française, cela illustre l'absurdité du curatif et l'impératif économique du préventif.
Trois grandes familles de polluants agricoles structurent ce problème.
Les pesticides contaminent la quasi-totalité des sous-bassins surveillés. La France est le deuxième utilisateur de pesticides en Europe, mais le 8ème si l’on rapporte les quantités à l’hectare. Dans les cours d’eau et plans d’eau, les substances les plus fréquemment détectées sont, en France métropolitaine, les herbicides, tandis qu’en outre-mer, ce sont principalement les insecticides. L'indice de pression toxique cumulée (IPTC) qui mesure le risque pour les écosystèmes aquatiques dépasse le seuil critique de 1 sur environ la moitié des sites de mesure des cours d'eau depuis 2008. Plus troublant encore : les principaux dépassements de normes en eaux souterraines sur la période 2021-2023 sont le fait de substances interdites depuis des années, voire des décennies. Ce que nous avons épandu hier, nous le retrouvons dans l'eau aujourd'hui.
Les nitrates sont la contamination la plus répandue dans les eaux souterraines françaises. La moyenne nationale atteint 29 mg de nitrates par litre dans les nappes, mais derrière cette moyenne se cachent de grandes disparités entre les différents territoires. En effet, sur la période 2020-2023, 17,6 % des stations de surveillance en eaux souterraines dépassent le seuil de 50 mg/L de la directive nitrate, classant ces eaux comme polluées au sens de la directive nitrates. La Commission européenne a d'ailleurs saisi la Cour de justice de l'UE fin juillet 2024 pour non-respect de la concentration maximale en nitrates dans une centaine de zones de distribution réparties dans sept régions françaises.
Les métaux lourds issus des engrais phosphatés, des boues d'épuration ou du cuivre utilisé en viticulture s'accumulent progressivement dans les horizons superficiels des sols. Lors des épisodes pluvieux intenses, ces éléments migrent vers les cours d'eau et les nappes, avec des effets documentés sur les écosystèmes et des enjeux sanitaires de long terme.
L'agriculture régénératrice ne relève pas du discours, c'est un ensemble de pratiques dont les effets sur la qualité de l'eau sont mesurables et documentés. Ce sont précisément des solutions fondées sur la nature, qui mobilisent la biologie des sols pour remplir les fonctions que les technologies de traitement ne font que pallier artificiellement à des coûts qui sont devenus exorbitants.
Réduire les intrants à la source est le levier le plus direct, mais l’enjeux reste de veiller à ne pas sacrifier les rendements. Moins d'engrais azotés de synthèse, c'est mécaniquement moins de nitrates disponibles pour le lessivage. La substitution par des légumineuses fixatrices d'azote atmosphérique, des rotations plus longues, la juste valorisation d’engrais organiques, le développement des couverts intermédiaires, sont autant de leviers agronomiques permettant de réduire les intrants de synthèse.
La quantité d’azote minéral vendue rapportée à l’hectare de surface fertilisable, était de 57 kg/ha au début des années 1970 et à fortement augmenté jusque dans les années 1990, avant de se stabiliser autour de 85 kg/ha pendant près de trois décennies. Depuis 2018-2019, cette consommation est toutefois orientée à la baisse et est désormais repassée sous le seuil des 70 kg/ha. Cette évolution s’explique notamment par les dispositifs d’aide à la transition agricole, les actions renforcées dans les zones vulnérables aux nitrates (plan ECOPHYTO, GIEE…) et une meilleure valorisation des effluents d’élevage. Ces mesures contribuent à réduire les risques de pollution des eaux par les nitrates. Malgré tout, les concentrations dans les nappes restent stables : la preuve que réduire les apports ne suffit pas si la structure du sol ne permet pas de retenir l'azote.
La couverture permanente des sols joue un double rôle sur la qualité de l'eau. Elle ralentit le ruissellement, donnant aux molécules polluantes le temps d'être adsorbées ou dégradées avant d'atteindre un cours d'eau. Elle nourrit surtout la vie microbienne et c'est cette vie microbienne qui dégrade les pesticides résiduels et dénitrifie l'azote excédentaire dans le sol. Avec seulement 2 tonnes de matière sèche par hectare de couvert, le ruissellement est réduit de 60 % par rapport à un sol nu. Un sol biologiquement actif est un filtre chimique vivant. Un sol nu, compacté, appauvri ne filtre plus rien.
Le principal frein au développement de cette pratique reste économique : implanter un couvert, c'est engager des coûts réels de semences, de semis et de destruction, pour une culture que l'agriculteur ne récoltera jamais. Dans un contexte de marges serrées, investir du temps et de l'argent dans une culture non commercialisable, dont les bénéfices sont diffus et à long terme, est encore perçu par beaucoup comme une charge à perte. C'est précisément ce verrou économique que le financement de la transition agroécologique peut lever : rémunérer les agriculteurs pour des services environnementaux que le marché ne valorise pas encore.
L'agroforesterie et les bandes enherbées constituent des zones tampons critiques à l'interface entre parcelles et cours d'eau. Les systèmes racinaires profonds des arbres captent les nitrates avant qu'ils n'atteignent les nappes superficielles. Les bandes végétalisées interceptent les particules et les molécules en suspension lors du ruissellement. Ces pratiques relèvent directement de la **protection des nappes phréatiques** à l'échelle du bassin versant, leur efficacité est soutenue par des décennies de recherche hydrologique.
L’une des principales contraintes de ces pratiques réside dans la réduction parfois significative des surfaces productives de l’exploitation. Dans un contexte économique déjà très tendu pour le monde agricole, cette diminution de l’outil de production peut représenter un coût important. En effet, les agriculteurs ont investi dans ce foncier, et voient une partie de leur potentiel économique se réduire alors même qu’ils continuent à supporter les charges associées : fermages, taxes foncières ou encore remboursement d’investissements passés.
La diversification des rotations réduit structurellement la pression phytosanitaire. Des successions de cultures variées, aux familles botaniques différentes, brisent les cycles des pathogènes et des ravageurs, réduisant le recours aux traitements phytosanitaires, et donc les flux de pesticides vers les milieux aquatiques.
Le manque de débouchés commerciaux constitue aujourd’hui le principal frein au développement de certaines cultures de diversification, notamment concernant les légumineuses telles que le pois chiche ou la lentille.
Le bassin de la Loire, fortement concerné par ces enjeux, fait partie des territoires dynamiques en matière de structuration de collectifs d’agriculteurs engagés dans des démarches de transition :
La question n'est plus de savoir si l'agriculture régénératrice peut améliorer la qualité de l'eau, les mécanismes sont connus et documentés. La vraie question pour un financeur est : où mon investissement produit-il le plus grand impact, avec la meilleure traçabilité et le meilleur rapport coût-bénéfice ?
La Cour des comptes l'a calculé : ne pas polluer revient 2,5 fois moins cher que de laisser polluer et traiter ensuite. Financer une station de traitement de l'eau, c'est payer pour corriger une contamination déjà installée, à un coût élevé, de manière récurrente, sans s'attaquer à la source. Dépolluer une nappe phréatique contaminée aux nitrates, c'est un chantier de plusieurs décennies et plusieurs centaines de milliards, pour un résultat incertain. Financer la transition agroécologique des exploitations d'un bassin versant, c'est réduire les flux de polluants à la source, progressivement mais durablement, sur les 50 % du territoire qui conditionnent la qualité de l'eau en aval.
C’est précisément l’approche développée par ReSoil : accompagner les agriculteurs dans la transition vers des pratiques régénératrices, en les mettant en relation avec des financeurs engagés, tout en mesurant et en certifiant les résultats obtenus. Cette démarche permet de valoriser à la fois le stockage de carbone dans les sols, la réduction d’émissions et les bénéfices agroécologiques associés.
Les sols agricoles d'aujourd'hui sont une solution sérieuse pour l'eau potable de demain.
Les financeurs qui en ont pris conscience choisissent d’agir à la source, en amont, pour un impact massif.
